La M9A3 nera conserva tutte le modifiche e gli upgrade visti sulla sorella color fde. Il profilo dell'impugnatura è stato rivisto e ora è più sottile e confortevole, con uno stile simile alla Vertec. Nella confezione sono comunque incluse delle guancette avvolgenti in gomma per avere un'impugnatura simile a quella della M9 originale. Le levette della sicura sono rivolte verso l'alto, in modo da rendere più difficile azionarle accidentalmente. Per agevolare la ricarica, il pulsante di sgancio caricatore è maggiorato.
La canna misura 5 pollici ed è dotata di filettatura in volata per accomodare dispositivi come compensatori o spegnifiamma. Gli organi di mira presentano inserti al trizio che permettono di mirare anche in condizioni di scarsa luminosità. Infine, i caricatori della M9A3 sono stati dotati di un nuovo sistema di drenaggio anti-sabbia.
